Fondato e inaugurato nel 1875, nel palazzo del Collegio Romano, dal paletnologo Luigi Pigorini, con lo scopo di illustrare le testimonianze preistoriche italiane, europee ed extraeuropee e di dare un’impostazione scientifica unitaria agli studi e alle ricerche paletnologiche italiane; tra il 1975 e il 1977 il Museo è stato trasferito nell’attuale sede dell’Eur, con la sua originaria organizzazione in due settori: uno dedicato alla Preistoria e uno all’Etnografia Extraeuropea. Dal 2016 il Museo Pigorini fa parte del polo culturale del Museo delle Civiltà che nel 2022 ha presentato un nuovo allestimento delle collezioni preistoriche, intitolato "Preistoria? Storie dall’Antropocene", con la più ampia e articolata collezione preistorica italiana composta da oltre 150.000 reperti provenienti da siti archeologici italiani e internazionali, lungo un arco cronologico che si estende dalle più antiche fasi dell’età della pietra fino alle prime forme di scrittura. All'interno del Museo si possono ammirare celebri reperti come l’originale del cranio neandertaliano del Circeo e le piroghe recuperate dal fondo del lago di Bracciano, insieme a centinaia di reperti dal villaggio neolitico de La Marmotta.

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